Nelipak heeft twaalf cleanrooms (stof- en kiemarme ruimtes) die alle voldoen aan norm ISO 14644 klasse 7. Dat staat gelijk aan de U.S. Fed. Standard klasse 10.000. Per kubieke voet lucht mogen er niet meer dan 10.000 stofdeeltjes van 0,5 µ zijn. De grondstoffen worden in een aangrenzende klasse 8 ruimte voorbehandeld en vervolgens op een speciale wijze naar cleanroom klasse 7 geleid. Nelipak beschikt over zes onafhankelijke luchtbehandelingunits. Hierdoor is de continuïteit maximaal afgedekt. De cleanrooms worden doorlopend in vol bedrijf volgens een vaste procedure gecontroleerd. De laatste elf jaar zijn gemiddeld minder dan 1000 deeltjes, kleiner dan 0,5 µ, per vierkante voet lucht gemeten. Daarmee presteert Nelipak zeer goed.
Nelipak is specialist en trendsetter in het gebruik van cleanrooms in de Europese verpakkingsindustrie.
De productie in de cleanrooms is bijna geheel gerobotiseerd. Het handwerk blijft tot een minimum beperkt. Voor eenmaal gesloten blisters geeft Nelipak een 100% lekvrij-garantie af. De in cleanrooms geproduceerde medische verpakkingen verlaten deze in minstens twee PE-zakken verpakt en voorzien van een uniek label.
Elke cleanroom heeft daarom een eigen, separate labelprinter. De verpakkingen krijgen een label dat verwijst naar de cleanroom waarin ze geproduceerd zijn en dat alle overige relevante informatie geeft. Buiten de cleanroom worden de producten veelal in dozen verpakt. Elke doos heeft een uniek nummer.
Dat maakt elke doos traceerbaar. Deze systematiek maakt traceability tot op het laagste niveau mogelijk.